Die Abtei wurde 1123 von Stephan, Graf von Boulogne , gegründet und ursprünglich für den Orden von Savigny erbaut.  Als erster Standort war Tulketh am Ufer des Flusses Ribble vorgesehen, doch nach drei Jahren befanden die Mönche den Ort als ungeeignet und zogen nach Furness um.  Die Abtei liegt im Tal des Nachtschattens südlich von Dalton-in-Furness und ist vollständig aus lokalem Sandstein errichtet. 1147 ging sie in den Besitz der Zisterzienser über, die die ursprüngliche, reich verzierte Kirche nach und nach erweiterten und wiederaufbauten. Die heutigen Ruinen stammen größtenteils aus dem 12. und 13. Jahrhundert. Im 15. Jahrhundert war die Abtei vollständig umgestaltet und entwickelte sich nach Fountains Abbey zur zweitreichsten und mächtigsten – sowie zu einer der prächtigsten – Zisterzienserabteien Englands.  Das gotische Kloster und die angrenzenden Gebäude erstrecken sich über ein weitläufiges Gelände und erreichen eine maximale Höhe von 40 Metern.  Um 1246 starb Abt Laurence Acclorne unter verdächtigen Umständen; möglicherweise wurde er von drei Mönchen ermordet, die seinen Kommunionskelch vergifteten.  

Die Mönche der Abtei waren Großgrundbesitzer und die mächtigste Gruppe in dem damals abgelegenen Grenzgebiet. Insbesondere auf der Isle of Man übten sie großen Einfluss aus . Einer der Könige von Man und den Inseln ist in der Abtei begraben, ebenso wie viele Bischöfe von Sodor und Man. Rushen Abbey auf der Isle of Man wurde auf Land errichtet, das den Mönchen gehörte.  Sie besaßen auch Minen auf der Insel und bauten Piel Castle, um den Handel zwischen der Furness-Halbinsel und der Isle of Man zu kontrollieren.

Da die Abtei etwa 70 Meilen südlich von Schottland an der Küste lag, gerieten die Mönche gelegentlich zwischen die Fronten der häufig kriegerischen Schotten und Engländer. 1316 wurde die Abtei von Robert the Bruce geplündert und musste zwei Jahre lang verlassen werden.  Als Robert the Bruce 1322 während des Großen Feldzugs erneut in England einfiel, bezahlte der Abt für dessen Unterkunft und Unterhalt, anstatt den Verlust des Reichtums und der Macht der Abtei zu riskieren. Um sich vor zukünftigen Angriffen zu schützen, befestigten die Mönche 1327 die Burg auf Piel Island, um den Hafen der Abtei zu verteidigen.  Die Probleme der Abtei wurden 1349 durch den Schwarzen Tod noch verschärft, dem vermutlich die meisten Mönche zum Opfer fielen.  

Die Abtei Furness blieb bis ins 16. Jahrhundert wohlhabend; der Westturm wurde kurz vor der Reformation erbaut. Sie wurde jedoch schlecht verwaltet. Die herrische, doppelzüngige und tyrannische Herrschaft von Abt Alexander Banke führte 1514 dazu, dass die Abtei vom Earl of Derby geplündert wurde. Seine Gunst beim König ermöglichte ihm jedoch zwei Jahre später die Wiedereinsetzung in das Amt des Abtes.  Mehrere Mönche von Furness unterstützten begeistert die Pilgrimage of Grace, die die Auflösung der Klöster durch Heinrich VIII. verhindern sollte, und wurden hingerichtet. Abt Alexander Pyle übergab die Abtei im Frühjahr 1537 klugerweise und machte sie damit zum ersten der wohlhabenderen Klöster, das fiel.

Die Abteigebäude wurden rasch abgerissen; die königlichen Kommissare begannen die Arbeiten noch bevor die Mönche die Abtei verlassen hatten. Einige der Nebengebäude wurden zu einem Herrenhaus umgebaut, das im 18. Jahrhundert jedoch zu einem Bauernhof verkam, während die gewaltigen Ruinen zu einem beliebten Ziel romantischer Touristen wurden.  William Wordsworth besuchte die Abtei mehrmals und erwähnte sie in seinem 1805 erschienenen autobiografischen Gedicht „The Prelude“ , während J. M. W. Turner zahlreiche Radierungen der Abtei anfertigte. Königin Victoria und ihre Hofdame Augusta Stanley besuchten die Abtei nachweislich 1848, wie aus Stanleys Tagebüchern hervorgeht. Zu den weiteren prominenten Besuchern zählte die Familie Roosevelt. Der junge Theodore Roosevelt und seine Geschwister spielten auf den Ruinen, die 1869 noch nicht abgesperrt waren.  1896 besuchte der chinesische Staatsmann Li Hongzhang auf seiner Reise durch das industrialisierte Nordengland die Abtei. Vizekönig Li blieb länger als geplant, sodass sein Zeitplan geändert werden musste.  Die Ruinen wurden 1923 in staatliche Obhut übergeben.

Der Furness Abbey-Komplex ist ein geschütztes Denkmal und ein Naturschutzgebiet mit fünf denkmalgeschützten Gebäuden und Bauwerken. Zwischen 2008 und 2017 fanden Restaurierungsarbeiten statt, da befürchtet wurde, dass ein Teil der Abtei einstürzen könnte.