Die erste Befestigungsanlage die hier gebaut wurde, entstand Anfang des 17 Jhs. Die wurde vom kaiserlichen Feldherr Albrecht von Wallenstein zum Schutz vor den Schweden und Dänen errichtet. Während des Dreißigjährigen Krieges tobten hier heftige Kämpfe. Die Schweden, die das Gebiet mehrere Jahrzehnte beherrschten, erweiterten die Verteidigungsanlage. Im Jahre 1721 fiel das Gebiet wieder an Preußen. Im Jahr 1746 wurde die Stadt zum Seehafen erhoben. 1757 überstand die Stadt einen weiteren schwedischen Angriff auf die Hafenanlagen. Die örtlichen Befestigungsanlagen leisteten einen wesentlichen Teil zur Verteidigung. Auf Grund der schwedischen Bedrohungen wurde die Erweiterung der Stadtbefestigung im Jahr 1759 entwickelt, die bis zum Napoleonischen Krieg verfolgt wurde. Im Jahre 1765 herhielt Swinemünde das Stadtrecht. 

1801 verfügte Swinemünde lediglich über drei Armeekompanien und eine Feldartilleriebatterie. 1806 bestand die gesamte Garnison jedoch nur noch aus einer Invalidenkompanie. Im selben Jahr marschierten französische Truppen unter General Bertrand von Stralsund nach Kolberg und erreichten Swinemünde. Später wurde das Hauptquartier von General Ruby, dem Befehlshaber der französischen Streitkräfte auf der Insel Usedom, in der Stadt stationiert. 1807 wurde Pommern zum Schauplatz des Guerillakrieges von Ferdinand von Schill. Im Frühjahr drang eine seiner Einheiten sogar kurzzeitig in Swinemünde ein. Im Juli desselben Jahres traf das Korps von Feldmarschall Blücher in der Stadt ein.

1812 marschierten französische Truppen unter General Gutteau erneut in Swinemünde ein. Ihre Pioniere errichteten beidseits des Kanals zwei Holz- und Erdfestungen, „Osterkopf“ und „Kronprinz“. Diese wurden jedoch zwei Jahre später durch einen schweren Sturm zerstört. Nach zwei Jahren zogen sich die Franzosen aus der Stadt zurück, und an ihre Stelle trat das 11. Brandenburgische Artillerieregiment. In dieser Zeit wurde der örtliche Garnisonskommandant, Hauptmann Gaedicke, fortan als Kommandant der Stadt und des Hafens bezeichnet.

Zwischen 1815 und 1848 bestanden die Befestigungsanlagen von Swinemünde noch aus alten Holzforts und provisorischen Artilleriestellungen. Ab 1831 setzte sich die Stadtgarnison aus Einheiten anderer Garnisonen zusammen – einem Bataillon des Kaiser-Franz-Regiments und später Grenadieren des 2. „Gardengrenadiere“-Regiments. Erst 1843 wurde eine eigene Hafeneinheit mit zwei Offizieren und 60 Soldaten aufgestellt. 1846 beschloss die preußische Regierung den Bau der Festung Swinemünde. Die Arbeiten begannen jedoch erst mit Ausbruch des Ersten Krieges gegen Dänemark 1848/49. Zu dieser Zeit begann die dänische Fregatte „Haffrowen“ mit der Blockade des Hafens. Der junge Pionierkapitän von Eickstädt leitete energisch die provisorischen Befestigungsarbeiten und mobilisierte dabei sowohl die Armee als auch die Bevölkerung. Die in dieser Zeit errichteten Erdwälle und Hügel wurden später teilweise für den Bau permanenter Befestigungsanlagen genutzt. Daher gilt das Jahr 1848 allgemein als Beginn des Baus der Swinemünde-Festungen, obwohl die erste von ihnen – Werk I – erst zwischen 1849 und 1856 errichtet wurde.

1854 begann am Westufer des Hafenkanals der Bau einer redoutenartigen Infanteriefestung – Werk II. Zwei Jahre später begann gleichzeitig der Bau zweier Küstenartilleriefestungen – Ostbatterie und Westbatterie. So entstand ein Komplex aus Backsteinbefestigungen rund um die Mündung der Swine bestehend aus zwei Küstenfestungen, zwei Landverteidigungs- und Kommandofestungen, einem System von Fernrohren und vorgeschobenen Schützengräben für die Infanterie. 1853 wurde Swinemünde zur Militärgarnison erhoben und zehn Jahre später, gemäß der damaligen preußischen Nomenklatur, zur Seefestung 3. Ranges.

Im November 1863 bereitete sich die neu errichtete Festung auf einen weiteren bewaffneten Konflikt mit Dänemark vor. Im Januar 1864 blockierten zwei dänische Korvetten erneut den Hafen von Swinemünde. Der Festungskommandant, Major Petzel, befahl, die Lichter auf den Wellenbrechern zu löschen und den Hafen nachts mit massiven Eisenketten zu verriegeln. Die Festungsanlagen rüsteten sich zur Verteidigung und besetzten die Dünen und Molen zusätzlich mit Infanterie. Insgesamt war die Lage der Garnison deutlich günstiger als 1848. Die Stadt verfügte über solide Backsteinbefestigungen, geschützt durch Gräben und Artilleriefeuer. In Swinemünde war ein starkes Militärkontingent stationiert, bestehend aus Einheiten des 2. Grenadierregiments, des 42. und 54. Infanterieregiments sowie der 2. Artilleriebrigade. Die preußische Artillerie und Infanterie waren mit gezogenen Hinterladergewehren ausgerüstet, die eine höhere Feuerrate und Reichweite aufwiesen. Die Festung verfügte über eine Telegrafenverbindung nach Berlin. Der Hafen war zu jener Zeit der wichtigste Stützpunkt der preußischen Flotte in der Ostsee, und dort waren Kriegsschiffe stationiert. Auch diese nahmen an der Seeschlacht teil, die am 17. März 1864 nahe Kap Jasmund auf der Insel Rügen stattfand. Die Verfolgung und der Sieg der preußischen Schiffe über die dänische Flotte wurden vom Strand in Swinemünde aus beobachtet. Fünf preußische Seeleute fielen in dem Gefecht und wurden auf dem örtlichen Friedhof ehrenvoll beigesetzt.

Im Juli 1870 wurde in der Festung Swinemünde Alarm ausgelöst. Der Deutsch-Französische Krieg hatte begonnen, und ein Angriff der französischen Flotte wurde erwartet. Zusätzliche Militäreinheiten wurden in die Stadt entsandt. Hafenbauinspektor Alfen ordnete an, vier kleine Segelschiffe zwischen den Wellenbrechern zu versenken, um die Hafeneinfahrt zu blockieren. Im August 1870 erschienen französische Schiffe vor der dänischen Küste. Zimmerleute aus Swinemünde errichteten eine Balkenbarriere an der Hafeneinfahrt. Täglich arbeiteten etwa 100 Einwohner im örtlichen Artilleriedepot, um die Garnison zu unterstützen.

Die französische Flotte erreichte am 18. August 1870 die Reede von Swinemünde. Vier große Kriegsschiffe ankerten an der Hafeneinfahrt und ließen über den Hafenlotsen die Blockade verkünden. Die Stadt bereitete sich auf die Verteidigung vor und transportierte unter anderem das Stadtarchiv nach Anklam. Die im Hafen stationierten preußischen Schiffe versteckten sich in den Gewässern der Alten Swine. In den Artilleriestellungen „Ostbatterie“ und „Westbatterie“ bemannten Kanoniere der Kolberg-Einheit die schweren Geschütze. Neben dem Heer wurde die Küste von der städtischen Bürgergarde unter Führung von Förster Brandt bewacht. Das Warten auf den französischen Angriff dauerte über sechs Monate und endete mit einer gegenseitigen Machtdemonstration. Im März 1871 wurde Frieden geschlossen und das Deutsche Reich ausgerufen. Die von Frankreich nach der Niederlage geleisteten Beiträge und die Anwesenheit französischer Kriegsgefangener in Swinemünde ermöglichten den weiteren Ausbau der Festung. Die Modernisierung aller Festungen wurde im Dezember 1871 durch ein Gesetz des Reichstags geregelt. Die Staatskasse stellte 1.426.000 Taler (2.592.000 Mark) für die Befestigungsarbeiten an der Festung bereit. Die Befestigungsanlagen von Swinemünde wurden erheblich erweitert und an neue Waffentypen angepasst. Diese Arbeiten dauerten bis 1881. Bereits 1876 wurde eine Eisenbahnlinie von Westen in die Stadt gebaut. Ab 1894 verfügte Swinemünde über Telefonverbindungen zum Rest des Landes.

Die nächste Phase des Festungsausbaus begann 1898 im Zuge des Marine-Rüstungsprogramms von Admiral Alfred von Tirpitz. Die intensivsten Arbeiten fanden zwischen 1905 und 1914 statt. In dieser Zeit wurden die Festungen von Swinemünde um architektonische Elemente aus Stahl und Beton erweitert. 1902 wurde im Hafenkanal ein schwimmendes, im Gefahrenfall geschlossenes Schutzbecken installiert. 1908 wurde am Ostufer der Swine ein Torpedorohr errichtet. Zwischen 1908 und 1911 entstanden in Swinemünde massive Betonbunker für fünf schwere Küstenbatterien. Schwere Stellungsgeschütze wurden in den Artilleriefestungen seewärts positioniert. Die Truppen, die die Befestigungsanlagen bemannt und zuvor in der Stadt oder in den Festungsquartieren gelebt hatten, wurden in neu errichteten Kasernen untergebracht. Der Hafen wurde ebenfalls erweitert; dort wurden schwere Kriegsschiffe der kaiserlichen Marine stationiert.

Vor Ausbruch des Ersten Weltkriegs verfügte die Festung Swiemünde bereits über sechs Küstenartilleriebatterien mit insgesamt 33 Geschützen und Mörsern im Kaliberbereich von 105 mm bis 210 mm. Die Befestigungsanlagen wurden vom 2. Artillerieregiment und Infanterie des 34. Füsilierregiments bemannt. Während des Krieges wurden vier Küstenbatterien wiederaufgebaut und eine neue auf dem östlichen Wellenbrecher errichtet. Außerdem wurden erstmals 88-mm-Flugabwehrbatterien um die Festung herum stationiert.

Nach Kriegsende verfügte die Festung über neun Küsten- und Flugabwehrbatterien, sieben Feuerleitstände, fünf Scheinwerferstationen und acht befestigte Infanteriestellungen. Auch die landseitige Versorgung des Hafens, die Telefonverbindungen, das Stromnetz, die Kasernen und Lagerhäuser waren gut ausgebaut. Während des Krieges fanden im Raum Swinemünde keine militärischen Operationen statt. Eine Ausnahme bildete ein Vorfall im November 1918, bei dem die meuternde Besatzung eines Kreuzers vor der Reede von Swinemünde auftauchte. Die Besatzung versuchte, die örtliche Garnison zu einer Revolte anzustiften. Die schwere Küstenbatterie gab den einzigen Gefechtsalarm des gesamten Krieges aus und bereitete das Schiff auf die Versenkung vor. Die Besatzung ergab sich jedoch.

Im Januar 1920 lief der britische Zerstörer Transitert mit einer Militärkommission der Entente-Mächte in den Hafen ein. Die Festungsleitung protestierte, als die Briten es versäumten, wie üblich die Reichsflagge zu grüßen, ihre Ankunft dem deutschen Kommandanten zu melden und demonstrativ ihre Waffen feuerbereit machten. Die britischen Offiziere entschuldigten sich später für den Vorfall. Die alliierte Kommission begann mit der Inventarisierung der Befestigungsanlagen und ihrer Ausrüstung. Der Versailler Vertrag verbot Deutschland den Besitz schwerer Artillerie sowie übermäßiger Waffen- und Munitionsvorräte. Die Festung war gezwungen, sich teilweise zu entwaffnen.

Die Neuverhandlungen des Versailler Vertrags führten 1926 zur Unterzeichnung des Pariser Abkommens, das der Weimarer Republik begrenzte Befestigungsarbeiten an ihren Ostgrenzen gestattete. Dieses Abkommen umfasste somit auch die Ostseefestungen. In Swinemünde erlebten die örtlichen Festungen eine Renaissance, wie Inschriften deutscher Soldaten aus den Jahren 1929/30 belegen. Zahlreiche namhafte deutsche Marineoffiziere dienten in der wachsenden Garnison, darunter der Festungskommandant Admiral Wilhelm Canaris, der später Chef der Abwehr wurde, und der Torpedobootkommandant Karl Dönitz, der später Admiral wurde und die U-Boot-Waffen entwickelte.

Die Festungen und Befestigungsanlagen wurden vor Ausbruch des Zweiten Weltkriegs ein letztes Mal modernisiert. Moderne Artillerie, Beobachtungs- und Kommunikationssysteme sowie Gefechtsstände wurden installiert. Kurz vor Kriegsbeginn kamen sogar Radargeräte zum Einsatz. 1934 wurde in Swinemünde das Hauptquartier des Kommandeurs der Pommerschen Küstenbefestigungen eingerichtet, das im August 1939 in das Pommersche Küstenbereichskommando umgewandelt wurde. Um die Stadt herum entstanden eine moderne schwere 280-mm-Küstenbatterie, mindestens zehn Festungs-Flugabwehrbatterien, umfangreiche Bunkeranlagen mit Lager- und Kommunikationsfunktionen sowie neue Kasernen und Anlegestellen für Schiffe. Der Hafen entwickelte sich zum größten Stützpunkt der Kriegsmarine in der Ostsee.

Im August 1939 lief das Schlachtschiff Schleswig-Holstein mit einer Kompanie Matrosen an Bord von Swinemünde nach Gdańsk aus. Nach Kriegsausbruch operierten deutsche U-Boote und Überwasserschiffe von hier aus gegen Polen, Dänemark, Norwegen und die Sowjetunion. Während des gesamten Krieges wurden Schiffe im Hafen versorgt, repariert und Marinepersonal ausgebildet. Auch wurden hier zahlreiche Versuche mit neuen Waffen durchgeführt. Die Festung lag weitab vom Kriegsgeschehen, und ab 1943 ging die einzige Bedrohung von alliierten Flugzeugen aus. Am 12. März 1945 griff eine Gruppe von 670 amerikanischen Bombern die Stadt und den Hafen an und richtete schwere Schäden an, insbesondere in Wohngebieten. Etwa 22.000 Menschen starben, zumeist Flüchtlinge aus Ostpreußen und Kurland, die größtenteils im Park um die westlichen Festungsanlagen lagerten. Riesige Bombenkrater sind dort noch heute sichtbar.

Im März 1945 erreichten die Russen die Ostküste der Insel. Ende April 1945 hatten ihre Truppen die Inseln Wolin und Usnam vollständig eingeschlossen. Eine große Truppengruppe verteidigte die Zugänge zur Festung und zur Stadt selbst. Auf Befehl von Admiral Dönitz verließen am 4. Mai 1945 fast alle Wehrmachtseinheiten die Festung und ersparten so beiden Seiten die blutigen Kämpfe, die sonst um sie geführt hätten. Zwischen dem 1. Mai 1945 und dem 5. Mai 1945 wurden 25.000 Soldaten der Armee und der Luftwaffe sowie 16.000 Matrosen aus Swinemünde evakuiert. Am selben Tag nahmen die Russen die Stadt ein.

Sowjetische Einheiten waren bis 1992 hier stationiert. Sie nutzten alle Festungen der Stadt bis 1961 (Fort Angel bis 1992). Dort waren ihre Versorgungs-, Kommunikations- und Küstenartillerieeinheiten untergebracht. Auch russische Schiffe lagen im Hafen vor Anker. Massenvernichtungswaffen, die durch internationale Verträge verboten waren, wurden in Lagern nahe der Stadt aufbewahrt.

Drei der vier im 19. Jahrhundert erbauten Festungen sind bis heute erhalten. Alle wurden renaturiert und sind nun für Touristen zugänglich. In den Museen werden auch diverse Waffen und andere Dinge ausgestellt, die man sowohl bei Grabungen, als auch in der angrenzenden Swine bei Baggerarbeiten gefunden hat.